При Священном синоде РПЦ действует ряд «отраслевых ведомств» — Синодальных отделов, важнейший из которых — ОВЦС МП. Сам ОВЦС МП так определяет круг своих задач: «Осуществление иерархического, административного и финансово-хозяйственного управления епархиями, монастырями, приходами и другими институциями нашей Церкви в дальнем зарубежье; принятие священноначалием решений, касающихся церковно-государственных и церковно-общественных отношений; осуществление связей РПЦ с поместными Православными церквами, инославными церквами и религиозными объединениями, нехристианскими религиями, религиозными и светскими международными организациями, государственными, политическими, общественными, культурными, научными, экономическими, финансовыми и иными подобными учреждениями и организациями, средствами массовой информации». Председатель ОВЦС МП считается самым влиятельным иерархом РПЦ.
В большинстве случаев будущие священнослужители получают «профессиональное» образование в духовных учебных заведениях, сетью которых руководит Учебный комитет Московской патриархии. В настоящее время в РПЦ действуют 5 духовных академий (до 1917 г. было лишь 4), 26 духовных семинарий, 29 духовных училищ, 2 Православных университета и Богословский институт, женское духовное училище, 28 иконописных школ. Общее количество учащихся духовных школ достигает 6000 человек.

Синодальный Отдел по религиозному образованию и катехизации руководит сетью учебных заведений, предназначенных для мирян. В эту сеть входят воскресные школы при храмах, кружки для взрослых, группы подготовки взрослых ко крещению, православные детские сады, православные группы в государственных детских садах, православные гимназии, школы и лицеи, православные курсы катехизаторов.